“克什克腾”系蒙古语，汉译为“亲兵”“卫队”，源于成吉思汗创设的护卫军。克什克腾旗历史悠久,根据出土文物推断，新石器时代就有先民在此渔猎牧耕。夏商时期为商族聚居地。春秋战国至秦末先后为山戎、东胡、匈奴聚居地。西汉初为匈奴地,中后期南属乌桓、北属鲜卑。晋隋为库莫奚与契丹地。唐贞观二十二年（648年），属松漠都督府。辽属上京道饶州、仪坤州地。金属北京路全州地。元太祖九年（1214年），全境为弘吉剌氏私藩。至元八年（1271年），属应昌府。至元二十二年（1285年），属应昌路。明朝初为北元占据，洪武三年（1370年）四月，元顺帝妥欢帖木儿病殁应昌路，太子爱猷识里答腊在应昌嗣位。明洪武二十二年（1389年）七月，于元应昌路旧址设应昌卫。明永乐二十年（1422年），改应昌卫为清平镇。后金天聪八年（1634年），归属后金。清顺治九年（1652年），诏编克什克腾部为克什克腾札萨克旗，属于昭乌达盟。清道光五年（1825年），设白岔巡检司管辖汉人事务，属于多伦诺尔厅，蒙民地区仍属热河昭乌达盟，蒙汉分治。民国2年（1913年）11月，撤销白岔巡检司，建经棚设治局，属热河特别区。民国3年（1914年），撤销经棚设治局，建经棚县。民国22年（1933年）3月5日，日本侵略军侵占克什克腾旗，5月10日，建克什克腾旗公署，属满洲国兴安总署兴安西分省（伪，治所在开鲁）。民国23年（1934年）1月，撤销经棚县，归克什克腾旗。1945年8月16日，克什克腾旗解放。1945年12月1日，经棚县委、经棚县政府、克什克腾旗政府同时成立，属中共热河省。1948年3月，撤销经棚县设置，统归克什克腾旗，属热河省昭乌达盟。1949年5月5日，随昭乌达盟划归内蒙古自治区。1969年7月5日，随昭乌达盟划归辽宁省。1979年7月1日，随昭乌达盟复归内蒙古自治区。1983年10月10日，昭乌达盟撤盟建赤峰市，克什克腾旗属之。旗政府驻地经棚镇。