克什克腾旗农牧局为正科级行政单位，主要有以下职能：贯彻执行国家有关农业的法律、法规以及党在农村的有关方针、政策；指导农牧业社会化服务体系建设、农畜产品商品生产基地建设、无公害农产品生产；研究和协调农畜产品市场体系建设、农牧业生产资料市场体系建设；制定并组织实施农牧业新技术、新品种引进推广计划，组织农牧业开发项目的遴选及实施，农牧业教育和农牧业职业技能开发；指导实施全县农牧业生产的防灾、抗灾、救灾工作。

内设行政股室16个，分别为办公室、综合股、人事股、计划财务股、乡村产业发展股、农村牧区合作经济指导股、市场信息与对外合作股、科技教育股、农畜产品质量安全监管股、种植业管理股、畜牧股（渔业管理股）、兽医股、饲料饲草股、种业管理股、农牧业机械化管理股、农村牧区社会事业促进股。事业机构5个（其中事业副科级2个），分别为农牧业技术推广中心（副科级）、农牧业综合执法大队（副科级）、农牧业综合检验检测中心、农村牧区发展促进中心、动物疫病预防控制中心。