克旗地处兴安、蒙古、东北、华北植物区系的交汇地带，野生动植物种类较多。全旗境内目前共有脊椎动物25目75科373种，野生植物种类共95科389属865种。
　　一、野生动物资源
　　全旗境内目前共有脊椎动物25目75科373种。具体种类情况如下：
　　1．哺乳动物 　有5目15科42种，以食肉目、啮齿目和偶蹄目为主，国家重点保护的哺乳动物有猞猁、水獭、斑羚、黄羊、马鹿、赤狐等6种。
　　2．鸟类 　有18目54科316种。其中国家一级保护鸟类有丹顶鹤、东方白鹳、金雕、玉带海雕、大鸨等10种；国家二级保护鸟类有大天鹅、小天鹅、鸳鸯、鸢、黑琴鸡等47种。
　　3．此外还有两栖类动物5种　隶属1目3科3属，有无尾目蟾蜍科的中华蟾蜍、花背蟾蜍；雨蛙科的无斑雨蛙，以及蛙科的黑斑蛙和中国林蛙；爬行类动物有10种，隶属2目3科6属，壁虎科的无蹼壁虎；蜥蜴科的山地麻蜥、丽斑麻蜥、北草蜥；鬣蜥科的草原沙蜥。
　　二、野生植物资源
　　克什克腾旗现已发现野生维管束植物三大类：蕨类植物、裸子植物和被子植物，共95科389属865种（包括种下变种和亚种）。其中蕨类植物8科11属24种、裸子植物3科6属9种、被子植物84科372属832种。这些植物种类主要集中在少数大科属中，其中菊科45属125种、禾本科43属85种、豆科17属51种、毛茛科16属49种、蔷薇科17属48种，这5大科共有植物358种，占总种数的41.4％。其次种类较多的是莎草科、百合科、蓼科、石竹科和十字花科。以上这10科共有植物502种，占总种数的58％。